Background Subtraction
background
Módulo para sustracción de fondo en espectros XPS.
Este módulo implementa métodos estándar de sustracción de fondo utilizados en análisis XPS, incluyendo Shirley y Tougaard.
Classes
Functions:
shirley_background
shirley_background(
spectrum: XPSSpectrum,
tol: float = 1e-05,
max_iter: int = 100,
inplace: bool = False,
) -> XPSSpectrum
Calcula y sustrae el fondo Shirley de un espectro XPS.
El algoritmo de Shirley es el método más utilizado para sustracción de fondo en XPS. Asume que el fondo en cada punto es proporcional a la intensidad integrada de todos los picos a energías más altas.
Parámetros
spectrum : XPSSpectrum El espectro al cual sustraer el fondo. tol : float, default=1e-5 Tolerancia para convergencia del algoritmo iterativo. max_iter : int, default=100 Número máximo de iteraciones. inplace : bool, default=False Si True, modifica el espectro original. Si False, retorna una copia.
Retorna
XPSSpectrum Espectro con el fondo Shirley sustraído. El fondo calculado se almacena en metadata["shirley_background"].
Raises
ValueError Si el espectro tiene menos de 3 puntos. Si el algoritmo no converge en max_iter iteraciones.
Notas
El algoritmo es iterativo y converge cuando el cambio en el fondo entre
iteraciones es menor que tol veces la intensidad máxima.
Referencias
Shirley, D. A. (1972). "High-Resolution X-Ray Photoemission Spectrum of the Valence Bands of Gold". Physical Review B, 5(12), 4709-4714.
Ejemplos
spectrum = XPSSpectrum(...) bg_subtracted = shirley_background(spectrum)
El fondo está en bg_subtracted.metadata["shirley_background"]
Source code in src/xps_analyzer/analysis/background.py
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tougaard_background
tougaard_background(
spectrum: XPSSpectrum,
B: float = 2866.0,
C: float = 1643.0,
D: float = 1.0,
inplace: bool = False,
) -> XPSSpectrum
Calcula y sustrae el fondo Tougaard de un espectro XPS.
El algoritmo de Tougaard modela el fondo basándose en la dispersión inelástica de electrones usando una función universal de pérdida de energía.
Parámetros
spectrum : XPSSpectrum El espectro al cual sustraer el fondo. B : float, default=2866.0 Parámetro B de Tougaard (eV2). C : float, default=1643.0 Parámetro C de Tougaard (eV2). D : float, default=1.0 Parámetro D de Tougaard (adimensional). inplace : bool, default=False Si True, modifica el espectro original. Si False, retorna una copia.
Retorna
XPSSpectrum Espectro con el fondo Tougaard sustraído. El fondo calculado se almacena en metadata["tougaard_background"].
Raises
ValueError Si el espectro tiene menos de 3 puntos.
Notas
Los parámetros por defecto (B=2866, C=1643, D=1) son para materiales orgánicos. Otros materiales pueden requerir parámetros diferentes: - Metales: B=1600, C=400 - Semiconductores: B=2400, C=1200
Referencias
Tougaard, S. (1997). "QUASES-IMFP-TPP2M: Software Package for Quantitative Analysis of Electron Spectra". Surface and Interface Analysis, 25(3), 137-154.
Ejemplos
spectrum = XPSSpectrum(...)
Para material orgánico (valores por defecto)
bg_subtracted = tougaard_background(spectrum)
Para metal
bg_subtracted = tougaard_background(spectrum, B=1600, C=400)
Source code in src/xps_analyzer/analysis/background.py
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linear_background
Calcula y sustrae un fondo lineal de un espectro XPS.
El fondo lineal es simplemente una línea recta entre los puntos extremos del espectro. Es el método más simple pero menos preciso.
Parámetros
spectrum : XPSSpectrum El espectro al cual sustraer el fondo. inplace : bool, default=False Si True, modifica el espectro original. Si False, retorna una copia.
Retorna
XPSSpectrum Espectro con el fondo lineal sustraído. El fondo calculado se almacena en metadata["linear_background"].
Raises
ValueError Si el espectro tiene menos de 2 puntos.
Ejemplos
spectrum = XPSSpectrum(...) bg_subtracted = linear_background(spectrum)
Source code in src/xps_analyzer/analysis/background.py
background_with_fallback
background_with_fallback(
spectrum: XPSSpectrum,
methods: list[str] | None = None,
shirley_max_iter: int = 100,
shirley_tol: float = 1e-05,
tougaard_B: float = 2866.0,
tougaard_C: float = 1643.0,
tougaard_D: float = 1.0,
inplace: bool = False,
) -> XPSSpectrum
Calcula y sustrae el fondo de un espectro XPS con cascada de fallbacks.
Esta función intenta múltiples métodos de sustracción de fondo en orden, usando el siguiente método si el anterior falla. Esto aumenta la robustez del análisis cuando se trabaja con datos experimentales de calidad variable.
Parámetros
spectrum : XPSSpectrum El espectro al cual sustraer el fondo. methods : list[str] | None, default=None Lista de métodos a intentar en orden. Si None, usa ["shirley", "tougaard", "linear"]. Métodos válidos: "shirley", "tougaard", "linear". shirley_max_iter : int, default=100 Número máximo de iteraciones para Shirley. shirley_tol : float, default=1e-5 Tolerancia de convergencia para Shirley. tougaard_B : float, default=2866.0 Parámetro B de Tougaard (eV2). tougaard_C : float, default=1643.0 Parámetro C de Tougaard (eV2). tougaard_D : float, default=1.0 Parámetro D de Tougaard (adimensional). inplace : bool, default=False Si True, modifica el espectro original. Si False, retorna una copia.
Retorna
XPSSpectrum Espectro con el fondo sustraído. El método utilizado se almacena en metadata["background_method"].
Raises
ValueError Si todos los métodos fallan. Si se proporciona un método inválido.
Notas
El orden de fallback por defecto está diseñado según precisión decreciente: 1. Shirley - Más preciso pero puede no converger en espectros complejos 2. Tougaard - Más robusto para fondos con estructura 3. Linear - Siempre funciona pero menos preciso
En validación con dataset BN-SET-1, esta estrategia aumentó la tasa de éxito de sustracción de fondo del 54% al 100%, permitiendo procesar todas las regiones incluso con datos de calidad variable.
Ejemplos
Uso por defecto (cascada completa)
spectrum_clean = background_with_fallback(spectrum) print(spectrum_clean.metadata["background_method"]) # ej: "shirley"
Solo intentar Shirley y linear (omitir Tougaard)
spectrum_clean = background_with_fallback(spectrum, methods=["shirley", "linear"])
Ajustar parámetros de Shirley (más iteraciones para espectros difíciles)
spectrum_clean = background_with_fallback( ... spectrum, shirley_max_iter=200, shirley_tol=1e-4 ... )
Ajustar parámetros de Tougaard
spectrum_clean = background_with_fallback( ... spectrum, tougaard_B=3000.0, tougaard_C=1500.0 ... )
Referencias
Hallazgos de validación documentados en: data/results/BN-SET-1/FASE_D_COMPLETADA.md data/results/BN-SET-1/COMPARATIVE_ANALYSIS.md
Source code in src/xps_analyzer/analysis/background.py
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subtract_background
subtract_background(
spectrum: XPSSpectrum,
method: str = "shirley",
energy_range: tuple[float, float] | None = None,
inplace: bool = False,
**kwargs: float,
) -> XPSSpectrum
Sustrae fondo de un espectro XPS usando el método especificado.
Parámetros
spectrum : XPSSpectrum El espectro al cual sustraer el fondo. method : str, default="shirley" Método de sustracción: "shirley", "tougaard", "linear". energy_range : tuple[float, float] | None, default=None Rango de energía (min_energy, max_energy) en eV. Si no es None, el fondo solo se calculará y sustraerá en este rango. inplace : bool, default=False Si True, modifica el espectro original. Si False, retorna una copia. **kwargs Parámetros adicionales pasados a la función de fondo específica. (Ej: tol, max_iter para shirley; B, C, D para tougaard).
Retorna
XPSSpectrum Espectro con el fondo sustraído en la región indicada.
Source code in src/xps_analyzer/analysis/background.py
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